Merkez teşkilatındaki hantal bürokrasi nedeniyle okul yaptırmak isteyen hayırsever vazgeçmek zorunda kalıyordu. Yeni düzenlemeyle hayırseverlerin önündeki bürokrasi de azaltıldı. Derslik sorununun çözümü için 'İnşaat ve Emlak Grup Başkanlığı' kuruldu. Aralarında genel müdür yardımcıları, daire başkanları, şube müdürleri il milli eğitim müdürleri ve yurtdışındaki eğitim ataşelerinin de bulunduğu bütün yöneticiler görevden alındı. Bu kişiler özlük hakları korunarak şahıslarına bağlı olarak ihdas edilen serbest kadrolara atandı. Bakanlıktaki hizmet birimlerinin önemli bir bölümünü de kaldırıldı. Bir kısmı da birleştirildi. 32 olan genel müdür ve üst yönetim birimi sayısı 17'ye, 7 olan müsteşar yardımcısı sayısı 5'e düştü. Talim ve Terbiye Kurulu üyeliği, sürekli kadro olmaktan çıkartılıp 4 yıl süreli bir görev haline getirildi. Bu sürenin 1'er yıl uzatma ile en fazla 7 yıl olması öngörüldü. Üye sayısı ise 15'ten 10'a indirildi.
Bundan böyle bakanlıkta; müsteşardan genel müdüre, bakanlık müşavirinden özel kalem müdürüne, bütün yöneticiler sözleşmeli çalıştırılabilecek. Bu şekilde çalıştırılacak personele, taban ve tavan ücretleri arasında kalmak üzere Bakan'ın onayıyla belirlenecek tutarda aylık brüt sözleşme ücreti ödenecek. Böylece performansa dayalı sistemde çok çalışan yönetici daha çok ücret alabilecek. Bakanlık 450 eğitim uzmanı alacak.
Yeni sistemle fiilen öğretmenlik yapmayan personelin ek ders ücreti alması uygulaması kaldırıldı. Bunun yerine bakanlık merkez ve taşra teşkilatında çalışan idari personel, ek ödemeden yararlanacak. İl ve ilçe milli eğitim müdürleri rotasyona tabi olacak. Öğretmenlerin özür grubu yer değiştirmeleri yaz tatillerinde yapılacak.
Yeni sistem konusunda açıklamalarda bulunan Bakan Ömer Dinçer, şöyle konuştu: "Bakanlıkta öğretmenlerin dışında idari personel de memur ve yönetici kadro da ek ders ücreti alıyordu. Ben bunu psikolojik olarak bu bakanlığın itibarını zedeleyen bir şey olarak değerlendiriyordum. Öğretmenlerimiz ek ders ücreti alacaklar, almalılar ama idari personelin diğer bakanlıklardaki ödenen ücretlerden daha az ücret alması nedeniyle bunu tamamlamak üzere ek ders ücreti alması doğru bir yaklaşım değildi."
